Les cours sur Moodle ne sont pas associés directement dans Panopto. Une action d’association du cours est nécessaire. Pour utiliser Panopto dans Moodle, l’enseignant doit d’abord associer son site de cours à un dossier Panopto. Cette association s’effectue en ajoutant le bloc Panopto au site de cours et en l’associant à un dossier.  Une fois le site de cours associé au dossier correspondant dans Panopto, tous les participants inscrits au cours dans Moodle auront accès aux séquences déposées par l’enseignant et pourront les visionner, insérer des commentaires, etc.  Une synchronisation entre le site Moodle et Panopto assure que seuls les étudiants inscrits au cours dans Moodle ont accès aux vidéos déposés par les enseignants.

Optionnellement, l’enseignant peut créer un dossier d'attribution dans Panopto.  Les étudiants pourront alors déposer à leur tour des vidéos (par exemple, pour fins d’évaluation).